茶树EST资源中SSR的信息分析

2021-02-24 14:43:13热度:140°C

从NCBI公共数据库下载获得1989条树EST,去除其中的低质量的和冗余的序列,得到全长为734.54kb的1589条无冗余EST。共在这些序列中发掘出了281个EST.SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%。这些EST-SSR的平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61 kb。茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。本研究为茶树EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础。

完成机构:[1]浙江大学原子核农业科学研究所,杭州310029 [2]中国计量学院生命科学学院,杭州310018

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